Die Kapelle, die in der Gegend der Kunsthalle lag, etwa in der Mitte der Achse zwischen der Jacobikirche und der Kirche St.Georg, war in den Jahren 1392 bis 1399 entstanden, und zwar durch die "Elenden Broderschop tho Sünthe Gardruten", eine der zahlreichen im Mittelalter blühenden Bruderschaften. Wahrscheinlich hängt die Entstehung dieser Bruderschaft mit der Pest von 1350 zusammen, die Hamburg viele Opfer gekostet hatte, so daß sich Bruderschaften bildeten, welche sich der Fürsorge für die Elenden und schwachen zum Ziele setzten.
Die Kapelle, die eine Filialkirche von St.Jacobi blieb, wurde auf dem Pestfriedhof von 1350 errichtet. Sie war ein Zentralbau im spätgotischen Stil, ihr Grundriß ein regelmäßes Achteck. Die Maße der Seitenlängen betrugen 25 Hamburger Fuß. Im Inneren besaß sie einen Strebepfeiler, die fünf kleine sechseckige Kapellennischen bildeten und die das Gewölbe der Kuppel trugen. Die Kuppel wurde gekrönt von einem Spitztürmchen. Die Mauern bestanden aus Feldsteinen, wurden aber später mit Backsteinen verblendet.
Später schloß sich der Kapelle eine zweite Bruderschaft an, die der "Allerhilligen der Murlüde", das Maureramt. Infolgedessen wurde eine Erweiterung der Kapelle durch angebaute Kreuzarme notwendig, etwa 1550 kam noch ein Choranbau hinzu, so daß zum Schluß eine recht stattliche Kirche vorhanden war.
Die ungewöhnlich reizvolle Kapelle St.Getruden, sie wurde auch "Perle der gothischen Baukunst" genant, ist in dem großen Brand in der Nacht vom 7. auf den 8..Mai 1842 zum Opfer gefallen. Um 12 Uhr nachts schlug sie das letzte mal die Stunden an. Die grünen Flämmchen an der Dachkuppel wurden bald zu roten Flammen und namentlich die rotglühende Kupferbekleidung bot einen schauerlich schönen Anblick; schließlich war der Unterbau so weit fortgebrannt, daß er das noch wenig brennende Türmchen nicht mehr tragen konnte; dieses stürzte herab und zerschmetterte das Gewölbe der KIrche, eine kolossale Flamme raste jetzt in der ganzen Weite des Baues. Nur der Stern des Achteckigen Kapellenbaues samt der 5 sechseitigen Nebenkapelle, sowie das Mauerwerk des Chors samt dem Gewölbe blieben stehen.
Lakonisch meldet das Kirchenprotokoll: " Wurde bei dem in der verflossenen Nacht ausgebrochenen fürchterlichen Brand, wo ein großer Theil dieser Stadt in Asche gelegt worden, auch die Capelle St.Gertrud, mit den fast sämtlichen Häusern derselben durch das Feuer gänzlich zerstört"
Nach einem Gutachten von Alexis de Chateuneuf wäre die Wiederherstellung möglich gewesen. Die Ruine lag wegen der hohen Bauweise lange unbedacht und ungeschützt da, so daß das Mauerwerk in Verfall geriet und 1847 endlich die völlige Abtragung beschlossen wurde. Man zog einen Neubau vor, wohl wegen der Erweiterung der Stadt. Johannes Otzen erbaute alsdann in den Jahren 1882 bis 1886 die jetzige St.Gertrud Kirche in Barmbek in neugotischen Formen. Der Kirchhof wurde mit einem Gitter eingefriedigt und in einen Kinderspielsplatz verwandelt.
Während die Häuser sonst ringsum vom Feuer zerstört oder doch mehr oder weniger beschädigt wurden, war das Todtengräberhäuschen bei St.Getrud in der Rosenstraße unversehrt geblieben. Wie durchb ein Wunder wurde dieses angesehen und es hat sich manche Deutung und manche Erzählung abenteuerlicher Art zum Nachteil des Todtengräberhäuschen daran geknüpft, und das Häuschen des Todtengräbers hät dadurch ein gewisses Renommé erhalten.. Das unscheinbare Haus ist links im Vordergrunde der Zeichnung wiedergegeben. Auf dem Platz der Kirche stand, nach Abtragung der Kirche, ein Kugeldenkmal.